吳介民博士的研究興趣在政治社會學、政治經濟學、社會運動、民主化、公共領域等方面。過去的研究主要環繞在三個主題。首先是，中國資本主義發展模式與政治社會制度變遷之間的關聯；第二是台灣社會民主化、社會運動與公共領域的議題；第三則是台灣與中國關係（兩岸關係）的歷史性變化。他著有《尋租中國：台商、廣東模式與全球資本主義》、《吊燈裡的巨蟒：中國因素作用力與反作用力》、《「中国ファクター」の政治社会学——台湾における中国の影響力の浸透》、《銳實力製造機：中國在台灣、香港、印太地區的影響力操作與中心邊陲拉鋸戰》等書。